Özet
5746 sayılı kanunun 3/A maddesinin 1. fıkrasında Gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının %100’ü, bu kapsamdaki projelerin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesi ve 193 sayılı Kanunun 89 uncu maddesi uyarınca kazancın tespitinde indirim konusu yapılacağı, ayrıca bu harcamaların, 213 sayılı Kanuna göre aktifleştirilmek suretiyle amortisman yoluyla itfa edileceği, bir iktisadi kıymet oluşmaması hâlinde ise doğrudan gider yazılacağı açıklanmıştır. Kurumlar vergisi kanunu ile Gelir vergisi kanununda yer alan Ar-Ge uygulaması hükümleri 6728 sayılı kanun ile yürürlükten kaldırılarak, yeni düzenleme ile Ar-Ge’nin tanımı genişletilmiş, Tasarım Faaliyetleri ve Tasarım Merkezleri 5746 sayılı kanun kapsamına alınmıştır.

I. GİRİŞ
Ülkemizin gerek ekonomik büyüme gerekse üretim yönüyle büyüme hedeflerine hızla ulaşabilmesi için teknolojik ve yenilik ağırlıklı üretimini artırması, tasarım ve markaya dayalı katma değeri yüksek üretim modellerine geçişi hızlandırması, Ar-Ge yatırımlarına gereken önemi vermesi gerekmektedir.
Teknolojik ve yenilik ağırlıklı üretimi artırabilmek için özel teşebbüsün Ar-Ge çalışmalarına gereken önemi vermesi, devletin ise Ar-Ge harcamalarına ilişkin destekler ve istisnalar ile Ar-Ge yatırımlarını özendirmesi gerekmektedir.
5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun ile Ar-Ge ve tasarım personeli ve nitelikli işgücü istihdamının artırılması desteklenmek ve teşvik edilmek istenmiştir.
II. KURUMLAR VERGİSİ KANUNUNDA YER ALAN AR-GE İNDİRİMİ UYGULAMASI
5520 sayılı Kurumlar Vergisi kanununun 10/1-a maddesi “mükelleflerin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının % 100’ü oranında hesaplanacak Ar-Ge indirimi, araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden ve tamamen araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılmayan amortismana tabi iktisadi kıymetler için hesaplanan amortisman tutarlarından verilen paylar üzerinden Ar-Ge indirimi hesaplanmaz. Matrahın yetersiz olması nedeniyle ilgili dönemde indirim konusu yapılamayan tutar, sonraki hesap dönemlerine devreder. Ar-Ge indiriminde yararlanılacak harcamaların kapsamını ve uygulamadan yararlanılabilmesi için gerekli belgeler ile usulleri belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.” şeklinde iken; 09.08.2016 tarih ve 29796 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 6728 sayılı Yatırım ortamının iyileştirilmesi amacıyla bazı kanunlarda değişiklik yapılmasına dair kanunun 58. maddesi ile yürürlükten kaldırılmıştır.
Kurumlar Vergisi Kanununda Ar-Ge indirimi ile ilgili boşluğu 6728 sayılı kanunun 60. maddesi ile 5746 sayılı kanunun 3. maddesinden sonra gelmek üzere 3/A maddesi eklenmek suretiyle Ar-Ge uygulaması güncellenmiş bulunmaktadır.
III. GELİR VERGİSİ KANUNUNDA YER ALAN AR-GE İNDİRİMİ UYGULAMASI
193 sayılı Gelir Vergisi kanununun 89/9. maddesi “mükelleflerin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının % 100’ü oranında hesaplanacak Ar-Ge indirimi, araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden ve tamamen araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılmayan amortismana tabi iktisadi kıymetler için hesaplanan amortisman tutarlarından verilen paylar üzerinden Ar-Ge indirimi hesaplanmaz. Ar-Ge indiriminde yararlanılacak harcamaların kapsamı ile uygulamadan yararlanılabilmesi için gerekli belgeleri ve usulleri belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.” şeklinde iken; 09.08.2016 tarih ve 29796 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan 6728 sayılı Yatırım ortamının iyileştirilmesi amacıyla bazı kanunlarda değişiklik yapılmasına dair kanunun 15. maddesi ile yürürlükten kaldırılmıştır.
Gelir Vergisi Kanununda Ar-Ge indirimi ile ilgili boşluğu 6728 sayılı kanunun 60. maddesi ile 5746 sayılı kanunun 3. maddesinden sonra gelmek üzere 3/A maddesi eklenmek suretiyle Ar-Ge uygulaması güncellenmiş bulunmaktadır.
VI. 5746 SAYILI KANUNDA YER ALAN AR-GE İNDİRİMİ UYGULAMASI
5746 sayılı kanunun 3. maddesi indirim, istisna, destek ve teşvik unsurlarını içermektedir. Maddenin 1. fırkasında Ar-Ge ve tasarım indiriminin teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve teknogirişim sermaye desteklerinden yararlananlarca gerçekleştirilen Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamı ile bu kanun kapsamında yukarıda sayılan kurum ve kuruluşlar tarafından desteklenen tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde gerçekleştirilen münhasıran tasarım harcamalarının tamamı Kurumlar Vergisi kanununun 10. maddesine göre kurum kazancının tespitinde ve Gelir vergisi kanununu 89. maddesi uyarınca ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılabileceği belirtilmiştir. Ayrıca fıkranın devamında Cumhurbaşkanınca belirlenen kriterleri haiz Ar-Ge merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarı; Cumhurbaşkanınca belirlenen kriterleri haiz tasarım merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan tasarım harcamalarının bir önceki yıla göre artışının yüzde ellisine kadarı yukarıdaki esaslar dâhilinde indirim konusu yapılabileceği hüküm altına alınmıştır. Yapılan Ar-Ge harcamaları 213 sayılı Vergi Usul Kanununa göre aktifleştirilmek suretiyle amortisman yoluyla itfa edileceği, bir iktisadi kıymet oluşmaması halinde ise doğrudan gider yazılabileceği, kazancın yetersiz olması nedeniyle ilgili hesap döneminde indirim konusu yapılamayan tutar, sonraki hesap dönemlerine devredileceği, devredilen tutarların takip eden yıllarda 213 sayılı Vergi Usul Kanununa göre her yıl belirlenen yeniden değerleme oranında artırılarak dikkate alınacağı belirlenmiştir.
5746 sayılı kanunun 3. maddesinin 1. fıkrasında yukarıda belirtilen kamu personeli hariç olmak üzere kurum ve kuruluşların tasarım projelerinde ve tasarım merkezlerinde çalışan tasarım ve destek personelinin bul çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde en az yüksek lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksan beşi, yüksek lisanslı olanlar ile temel bilimler alanlarından birinde lisans derecesine sahip olanlar için yüzde doksanı ve diğerleri için yüzde sekseninin gelir vergisinden müstesna olduğu açıklanmıştır.
Rekabet öncesi işbirliği projelerinde işbirliğini oluşturan kuruluşların bu işbirliğine yaptıkları katkılar, işbirliği anlaşmasında belirtilen ortak özel bir hesapta izleneceği, özel hesaba aktarılan bu tutarların, harcamanın yapıldığı dönemde katkı sağlayan kuruluşların Ar-Ge ve tasarım harcaması olarak kabul edileceği ve proje dışında başka bir amaç için kullanılamayacağı, proje hesabında toplanan tutarların proje özel hesabı açan kuruluşun kazancının tespitinde gelir olarak dikkate alınmayacağı belirlenmiştir.
Kanunun 3/A maddesinin 1. fıkrasında Gelir ve kurumlar vergisi mükelleflerinin, işletmeleri bünyesinde gerçekleştirdikleri münhasıran yeni teknoloji ve bilgi arayışına yönelik araştırma ve geliştirme harcamaları tutarının %100’ü, bu kapsamdaki projelerin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla, 5520 sayılı Kanunun 10 uncu maddesi ve 193 sayılı Kanunun 89 uncu maddesi uyarınca kazancın tespitinde indirim konusu yapılacağı, ayrıca bu harcamaların, 213 sayılı Kanuna göre aktifleştirilmek suretiyle amortisman yoluyla itfa edileceği, bir iktisadi kıymet oluşmaması hâlinde ise doğrudan gider yazılacağı açıklanmıştır.
Maddenin 2. fıkrasında kazancın yetersiz olması nedeniyle ilgili vergilendirme döneminde indirim konusu yapılamayan tutarın, sonraki vergilendirme dönemlerine devredileceği, devredilen tutarın, takip eden yıllarda 213 sayılı Kanuna göre her yıl belirlenen yeniden değerleme oranında artırılarak dikkate alınacağı belirlenmiştir.
Maddenin 3. fıkrasında araştırma ve geliştirme faaliyetleri ile doğrudan ilişkili olmayan giderlerden Ar-Ge indiriminin hesaplanmayacağı, Ar-Ge indirimi tutarının hesabında tamamen araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanılan amortismana tabi iktisadi kıymetler için hesaplanan amortismanlar ile başka faaliyetlerde de kullanılan makine ve teçhizat için hesaplanan amortismanların bu kıymetlerin araştırma ve geliştirme faaliyetlerinde kullanıldıkları gün sayısına isabet eden kısmı dikkate alınabileceği açıklanmıştır.

Örnek:
(X) A.Ş. 2016 yılında Ar-Ge, Tasarım faaliyetleri kapsamında harcama yapmaya başlamış olup, 2016 yılı için 200.000 TL Ar-Ge harcaması gerçekleştirmiştir. Yapılan harcamaya ilişkin herhangi bir iktisadi kıymet oluşmamış olup, 263 Ar-Ge hesabında izlemeye devam edilmektedir. 2016 yılı Ar-Ge harcamaları nedeniyle iktisadi kıymet oluşmamış olmasına rağmen; ilgi projenin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla; 5746 sayılı kanunun 3/A maddesine göre 200.000 TL Kurumlar vergisi beyannamesinde kurum kazancından, Gelir vergisi beyannamesinde ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacaktır.
2017 yılında Ar-Ge, Tasarım faaliyetleri kapsamında proje devam etmekte olup, 2017 yılı için 350.000 TL Ar-Ge harcaması gerçekleşmiştir. Yapılan harcamaya ilişkin herhangi bir iktisadi kıymet oluşmamış olup, 263 Ar-Ge hesabında izlemeye devam edilmektedir. 2017 yılı Ar-Ge harcamaları nedeniyle iktisadi kıymet oluşmamış olmasına rağmen; ilgi projenin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla; 5746 sayılı kanunun 3/A maddesine göre 350.000 TL Kurumlar vergisi beyannamesinde kurum kazancından, Gelir vergisi beyannamesinde ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacaktır.
2018 yılında Ar-Ge, Tasarım faaliyetleri kapsamında proje devam etmekte olup, 2018 yılı için 600.000 TL Ar-Ge harcaması gerçekleşmiştir. Yapılan harcamaya ilişkin herhangi bir iktisadi kıymet oluşmamış olup, 263 Ar-Ge hesabında izlemeye devam edilmektedir. 2018 yılı Ar-Ge harcamaları nedeniyle iktisadi kıymet oluşmamış olmasına rağmen; ilgi projenin Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı tarafından Ar-Ge ve yenilik projesi olarak değerlendirilmesi şartıyla; 5746 sayılı kanunun 3/A maddesine göre 600.000 TL Kurumlar vergisi beyannamesinde kurum kazancından, Gelir vergisi beyannamesinde ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacaktır.
2019 yılında Ar-Ge projesinin tamamlanması, iktisadi kıymet oluşması halinde ise; yapılan toplam Ar-Ge harcaması 1.150.000 TL aktifleştirilmek suretiyle amortisman yoluyla itfa edilecektir.
V. 2016/9092 SAYILI BAKANLAR KURULU KARARI İLE AR-GE İNDİRİMİ UYGULAMASI
01.08.2016 tarih ve 2016/9092 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile; 28.02.2008 tarih ve 5746 sayılı Araştırma, Geliştirme ve Tasarım Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun kapsamında kurulan ve aşağıda belirtilen göstergelerden herhangi birinde bir önceki yıla göre en az yüzde yirmi artış sağlayan Ar-Ge veya tasarım merkezlerinde, o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik veya tasarım harcamalarının bir önceki yıla göre artış tutarının yüzde ellisi 31.12.2023 tarihine kadar 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 10. maddesine göre kurum kazancının ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 89. maddesi uyarınca ticari kazancı tespitinde indirim konusu yapılacağı hüküm altına alınmıştır. Kararda ifade edilen göstergeler:
a) Ar-Ge veya tasarım harcamasının toplam ciro içindeki payı,
b) Tescil edilen ulusal veya uluslararası patent sayısı,
c) Uluslararası destekli proje sayısı,
ç) Lisansüstü dereceli araştırmacı sayısının toplam Ar-Ge personeli sayısına oranı,
d) Toplam araştırmacı sayısının toplam Ar-Ge personeli sayısına oranı,
e) Ar-Ge sonucu ortaya çıkan yeni ürünlerden elde edilen cironun toplam ciroya oranı.
Örnek:
(X) A.Ş. 2016 yılında 200.000 TL, 2017 yılında 350.000 TL ve 2018 yılında 600.000 TL Ar-Ge harcaması gerçekleştirmesi ve 2017 yılında 2016/9092 sayılı BKK’da yer alan rasyolardan birisi % 20 artış göstermiş olması durumunda; 350.000-200.000 = 150.000/2 = 75.000 TL ekstradan 2017 yılı Gelir/Kurumlar vergisi beyannamesi üzerinden indirilebilecektir. 2018 yılında 2016/9092 sayılı BKK’da yer alan rasyolardan birisi % 20 artış göstermiş ise; 600.000-350.000 = 250.000/2 = 125.000 TL ekstradan 2018 yılı Gelir/Kurumlar vergisi beyannamesi üzerinden indirilebilecektir.
VI. ESKİ VE YENİ AR-GE İNDİRİMİ UYGULAMALARININ KARŞILAŞTIRMASI
Gelir Vergisi Kanununun 89. maddesinde yer alan Ar-Ge indirimi ile Kurumlar Vergisi Kanununun 10. maddesinde yer alan Ar-Ge indirimi uygulamasının büyük bölümü aynı olmakla birlikte; Kurumlar Vergisi Kanununun 10. maddesine göre artan indirim tutarı devrederken, Gelir Vergisi Kanununa göre artan indirim tutarı devretmiyordu. Yeni düzenleme ile birlikte, 5746 sayılı kanunun 3/A maddesine göre; artan indirim tutarı devrettiği gibi, 213 sayılı Vergi Usul Kanununa göre endekslemeye tabi tutulur. Gelir Vergisi Kanunu ve Kurumlar Vergisi Kanununa göre Ar-Ge indirimi uygulamasında süre sınırı yokken, 5746 sayılı kanunun 3/A maddesine göre 31.12.2013 tarihine kadar süre sınırı getirilmiştir.
Gelir Vergisi Kanunu 89. madde ve Kurumlar Vergisi Kanunu 10. maddesinin değişiklik öncesi Ar-Ge indirimi ile 5746 sayılı kanunun 3/A maddesi ile yeni Ar-Ge indirimi uygulamasının karşılaştırması aşağıdaki gibidir :

GVK 89. madde KVK 10. madde 5746- 3/A madde (yeni hali)
İndirim Miktarı Ar-Ge harcamasının %100 oranında indirim Ar-Ge harcamasının %100 oranında indirim Ar-Ge harcamasının %100 oranında indirim
Süre Sınırı Süre sınırı yok. Süre sınırı yok. 31.12.2023
Müşterek Giderler Müşterek giderlerden pay verilmez. Müşterek giderlerden pay verilmez. Müşterek giderlerden pay verilir.
Amortismanlar Münhasıran AR-GE departmanında kullanılan iktisadi kıymetlerin amortismanları indirim tutarının tespitinde dikkate alınır, ancak başka departmanlarla ortak kullanılan iktisadi kıymetlerin amortismanları hiçbir suretle indirim tutarının tespitinde dikkate alınmaz. Münhasıran AR-GE departmanında kullanılan iktisadi kıymetlerin amortismanları indirim tutarının tespitinde dikkate alınır, ancak başka departmanlarla ortak kullanılan iktisadi kıymetlerin amortismanları hiçbir suretle indirim tutarının tespitinde dikkate alınmaz. Münhasıran Ar-Ge faaliyetlerinde kullanılan amortismana tabi iktisadi kıymetler için hesaplanan amortismanlar ile başka faaliyetlerde de kullanılan makine ve teçhizat için hesaplanan amortismanların bu kıymetlerin Ar-Ge faaliyetinde kullanıldıkları gün sayısına isabet eden kısmı dikkate alınabilir
Devreden İndirim Tutarında Endeksleme Artan indirim tutarı devretmez. Artan indirim tutarı devreder. Endeksleme Yapılmaz. Artan indirim tutarı endeksleme yapılarak devreder.

VII. SONUÇ
5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 10/1-a maddesi ile 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 89/9 maddesinde yer alan Ar-Ge indirimi uygulamasının yürürlükten kaldırılması ile birlikte; 5746 sayılı kanunun 3. maddesi ve daha genişletilerek uygulamaya konulan 3/A maddesi Ar-Ge indiriminin yeni hali ile uygulanmaya başlanmıştır.
Özellikle 2016/9092 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile yürürlüğe giren uygulama Ar-Ge indirimi uygulamasında Kurumlar Vergisi beyannamesinde ve Gelir Vergisi beyannamesinde ekstradan indirim imkanı getirmiştir.
Yeni düzenleme ile Ar-Ge’nin tanımı genişletilmiş, Tasarım Faaliyetleri ve Tasarım Merkezleri 5746 sayılı kanun kapsamına alınmıştır.
Ülkemizin ekonomik büyüme hedefine ulaşabilmesi için üretim miktarını ve teknolojik üretim modellerini geliştirmesi gerekmekte olup, Maliye Bakanlığı Ar-Ge harcamalarına ilişkin olarak uygulamanın daha etkin kullanılabilmesi ve Ar-Ge harcamalarından daha fazla istifade edilebilmesini amaçlayarak yeni yasal düzenlemeyi yürürlüğe koymuştur.
Ülkemizin teknolojik ve yenilik ağırlıklı üretimini artırmak adına Ar-Ge çalışması yapan, Tasarım Faaliyetlerinde bulunan firmaların Ar-Ge indirimi uygulamasından etkin faydalanmaları halinde, diğer firmalar için cazibe oluşturacak, Ar-Ge indiriminin amacına ulaşmasını sağlayacaktır.